Gaia Project er et nytt spill i Terra Mystica-serien. Som i det opprinnelige Terra Mystica, lever fjorten forskjellige fraksjoner på syv forskjellige typer planeter, og hver fraksjon er bundet til sine egne hjemplaneter. For å utvikle seg og vokse må de terraforme naboplaneter til sine hjemmemiljøer i konkurranse med de andre gruppene. I tillegg kan Gaia-planeter brukes av alle fraksjoner for kolonisering, og Transdimensjonale planeter kan endres til Gaia-planeter.

Alle fraksjoner kan forbedre ferdighetene sine innen seks forskjellige utviklingsområder — Terraforming, Navigation, Artificial Intelligence, Gaiaforming, Economy, Research — noe som fører til avansert teknologi og spesielle bonuser. For å oppnå alt dette har hver gruppe spesielle ferdigheter og evner.

Spilleområdet består av ti sektorer, noe som tillater en variabel oppsett og dermed en enda større omsetningsverdi enn forgjengeren Terra Mystica. Et tospillerspill bruker syv sektorer.